Церковь Ильи Пророка известна с начала 16 века. По преданию, во время осады города в 1505 году татарами и ногайцами на этом месте был сражен метким выстрелом со стен нижегородского кремля ногайский мурза, что стало причиной распри и снятия осады. В память о счастливом избавлении Нижнего от нашествия татар и ногайцев была построена деревянная церковь святого Ильи Пророка - небесного покровителя огненных бойцов.

В 1655 году священником Стефаном на этом же месте был построен каменный храм типа «корабль» в форме, ставшей традиционной в русском зодчестве.
Церковь перестраивалась в 1779 году (в трапезной учрежден придел великомученика Мины) и в 1874 году - по проекту архитектора И.Кострюкова - расширили трапезную, укрепили фундаменты.
В советское время пятиглавие было разрушено, а в здании церкви до последнего времени была пекарня. Вновь церковь была открыта только в 1995 году.

С 1896 года церковь стала одноглавой.